染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）技術(shù)的難點(diǎn)及應(yīng)用

染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，簡稱ChIP）是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的一種技術(shù)。它利用抗原抗體反應(yīng)的特異性，可以真實(shí)地反映體內(nèi)蛋白因子與基因組DNA結(jié)合的狀況。隨著對基因功能研究的不斷深入，這項(xiàng)技術(shù)正越來越多的被應(yīng)用于科研的各個(gè)領(lǐng)域。

隨著人類基因組測序工作的基本完成，功能基因組學(xué)的研究逐漸成為研究的熱點(diǎn)。而基因表達(dá)的調(diào)控又是功能基因組學(xué)的一個(gè)重要研究領(lǐng)域。研究某個(gè)蛋白因子的調(diào)控功能，可以通過對蛋白活性（激活或抑制其活性），蛋白數(shù)量（過表達(dá)Overexpression或基因缺陷型Knockout）, 以及蛋白功能（功能缺陷型蛋白Dominant-negative mutation）的控制，影響下游基因的表達(dá)，而下游基因的變化又可以通過基因芯片（cDNA Microarray），抑制消減雜交（Suppression Subtractive Hybridization），差異顯示RT-PCR等方法進(jìn)行研究[1]。然而這些方法都無法提供證據(jù)證明這些變化是受某個(gè)蛋白因子直接調(diào)節(jié)的，還是間接的其他變化導(dǎo)致的結(jié)果。所以，要想提供蛋白因子直接調(diào)控的證據(jù)，就要直接檢測蛋白質(zhì)-DNA的相互作用。傳統(tǒng)的方法包括轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合實(shí)驗(yàn)（Transcription Factor Assay），電泳遷移率變動(dòng)分析（electrophoretic mobility shift assay），DNase I 足印法（DNase I footprinting），酵母單雜交系統(tǒng)等。但這些方法都有一定的局限性，不能充分反映生理情況下DNA與蛋白相互作用的真實(shí)情況，而且很難捕捉到在染色質(zhì)水平上基因表達(dá)調(diào)控的動(dòng)態(tài)瞬時(shí)事件。